Phe Tây Sơn lúc này một bề xin phục tùng phe Bắc Hà và xin phụ trách ba phủ Quảng Ngãi, Quy Nhơn, Phú Yên lại xin lãnh cả việc truy kích phe chúa Nguyễn đang lưu vong ở Gia Định, một bề đem Đông cung Nguyễn Phúc Dương về An Thái và Hà Liêu để nếu cần sẽ lợi dụng Đông cung làm bù nhìn hầu hiệu triệu thần dân của chúa Nguyễn cho dễ.[4] Hơn thế nữa, Tây Sơn còn bí mật liên lạc với Lưu thủ Long Hồ Tống Phúc Hiệp đang giữ trọng trách đương đầu với phe Trịnh trong khi chúa Nguyễn đi trốn. Hiệp lúc này có mặt ở Phú Yên. Nhạc gả con gái là Thọ Hương cho Đông cung và ép lên ngôi, nhưng bất thình lình Nhạc cho Huệ đánh úp Phú Yên. Quảng Nam lúc này mất mùa. Hai tướng của chúa Nguyễn còn lại là Tôn Thất Quyền và Tôn Thất Xuân không đủ quân lương cũng bỏ chạy nốt.

Chiếm được Quảng Nam, Tây Sơn tràn xuống Quy Nhơn vào mùa Đông năm Ất Mùi (1775). Qua năm sau Gia Định thất thủ bởi lực lượng của Nguyễn Lữ. Chúa Nguyễn chạy qua Biên Hòa sau nhờ được tướng Đỗ Thành Nhân chiếm lại được Gia Định. Nhưng lương thực và kho tàng ở đây đã bị quân Tây Sơn lấy hết sạch đem về Quy Nhơn.